授課科目名稱：微陣列資料統計分析 [97學年度(下): 2009.02-2009.06]

授課教師： 吳漢銘 (淡江大學 數學系 助理教授), 研究室: 騮先紀念科學館四樓 S432室 分機: 3147。

Office Hour： (四)10:10~11:00。 E-mail: hmwu@mail.tku.edu.tw

開課班級： 數學系資統組 碩士班。必/選修： 選修。學分數：單學期 3 學分 3小時。

上課時間地點： (五) 09:10am~12:00am, SA127。 

先修科目： 機率與統計。助教: 無。

公告：

• [2009/02/17] 講義於底下「教學內容及進度」下載。   
• [2009/02/17] 本學期課程簡介(含教課進度、授課範圍、計分方式)。 
• [2009/01/09] 中國醫藥大學生物統計中心, 生統e報, 第十八期，生統小文章: 微陣列資料分析 (蔡政安副教授)。
• [2009/01/08] 新年快樂，歡迎選修&旁聽。教學計畫表下載。

教學目的：

微陣列基因表現資料(microarray gene expression data)的統計分析是生物資訊學裡一門重要的領域。
本課程是針對想了解此類型資料的機率分佈、統計理論與應用分析而開設的課。希望同學們除了理解
其原理外，並能使用 R & Bioconductor 做資料處理及統計分析。

教學內容及進度：

週次	月／日	(講義) 內容	練習/備註/作業/閱讀
一	02/20	(V) Course Introduction, R&Bioconductor, 影片欣賞 (1)	R&Bioconductor安裝
二	02/27	(V) Basic molecular biology, Introduction to microarray data, 影片欣賞 (2)
三	03/06	(V) cDNA microarray data preprocessing
四	03/13	(V) Oligo microarray data preprocessing (1)
五	03/20	(V) Oligo microarray data preprocessing (2)
六	03/27	(V) Data preprocessing and quality assessment (lab1)	作業一
七	04/03	春假
八	04/10	(V) Data preprocessing and quality assessment (lab2)
九	04/17	(V) Gene filtering, missing values imputation, 影片欣賞 (3)
十	04/24	期中考(本周不上課)	[唸選定的paper]
十一	05/01	Finding differential expressed genes , Dimension reduction
十二	05/08	visualization and clustering
十三	05/15	Classification: class prediction
十四	05/22	Time series data analysis (lecture & lab)
十五	05/29	Web resource for microarray, Gene regulatory networks
十六	06/05	Experimental Design, Software issue
十七	06/12	Systems biology, 影片欣賞
十八	06/19	期末考: 報告

(V) 上課講義下載: 限修課學生 下載。   

教材課本：

1. Deshmukh, S. R., Purohit, S.G., (2007), Microarray Data: Statistical Analysis Using R, Alpha Science Intl Ltd; Har/Cdr edition.
2. Iiris Hovatta et al., (2005) DNA microarray Data Analysis, 2nd Edition., CSC; 2005.
   [free download] http://www.csc.fi/csc/julkaisut/oppaat/arraybook_overview
   

參考書籍 ：

1. Robert Gentleman, Vincent Carey, Wolfgang Huber, Rafael Irizarry, Sandrine Dudoit, 2005, Bioinformatics and Computational
   Biology Solutions Using R and Bioconductor, Springer; 1 edition.  
2. Knudsen, S., (2006), Cancer Diagnostics with DNA Microarrays, Wiley-Liss; 1 edition.
3. Stekel, D., (2003), Microarray Bioinformatics, Cambridge University Press; 1 edition.
4. 更多參考資料...

成績考核方式：

• 平時成績：40 %

• 期中考成績： 30 %

• 期末考成績：30 %

備註：

1. 本課程著重R程式撰寫及實際資料分析。
2. 期末考以小組報告為主(需交書面)。
3. 上述「教學內容及進度」會依實際教學狀況修正。
4. 課程網站(講義、作業、公告、討論): http://www.hmwu.idv.tw